Piattaforma di genotipizzazione
Che cos'è
Piattaforma dedicata alla genotipizzazione del DNA del paziente, al fine di evidenziare la presenza di polimorfismi genetici che possono interferire con il normale svolgimento della terapia farmacologica. La piattaforma è costituita da diverse tecnologie, in funzione delle tipologie di polimorfismi genetici da analizzare:
- Pyrosequencing (PSQ48, Qiagen): strumento che si basa sul sequenziamento per sintesi di piccole sequenze di DNA. Permette di evidenziare mutazioni puntiformi e piccole inserzioni/delezioni. Presenta un preparatore integrato del campione da analizzare e permette l’analisi simultanea di un massimo di 48 campioni.
- SNPline (LGC): piattaforma utilizzata per lo svolgimento dell’attività di diagnostica farmacogenetica (per i reparti d’Istituto, con particolare riferimento alle Oncologie mediche e la Radioterapia oncologica), ma anche all’esterno dell’Istituto. Viene utilizzata anche all’interno di progetti di ricerca farmacogenetica in corso alla Farmacologia sperimentale e clinica. La piattaforma di genotipizzazione SNPline prevede l’analisi dei singoli polimorfismi mediante tecnologia Kompetitive Allele Specific PCR (KASP). La SNPline si compone del software KRAKEN, necessario per la gestione ottimizzata del flusso di lavoro con un alto numero di campioni, rendendo l’analisi e l’elaborazione dei risultati più veloce e digitalizzata. Meridian è un dispensatore robotizzato di reagenti necessari all’analisi. Hydrocycler è un termociclatore ad acqua che consente di correre contemporaneamente oltre 60 saggi di PCR. Infine, la lettura del segnale di fluorescenza con importazione dei risultati viene effettuata utilizzando FLUORstar Omega. Con la tecnica KASP è possibile determinare SNP, inserzioni e delezioni di basi e può essere effettuata in piastre di diversi formati (da 96,384 e 1536 pozzetti).
- Termociclatore con lettura di fluorescenza in Real Time (Real Time, 7500, ThermoFisher): strumento che permette di effettuare analisi di mutazioni puntiformi grazie all’utilizzo di sonde allele-specifiche fluorescinate. Il sistema permette l’analisi simultanea di 96 campioni.